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沙魯奈公主乘機前往日本途中，飛機突然爆炸，唯公主一人得以生存並降落地球，可是其意識轉為有預言能力的金星人，這金星人的使命就是要拯救將要滅亡的地球，金星的文化科學被宇宙怪獸 奇古度拉破壞淨盡，奇古度拉的下一目標就是地球，可是地球怪獸哥斯拉跟拿頓卻互相仇恨，並沒有助人類的打算，魔斯拉唯有出動苦勸，望說服牠兩對抗奇古度拉。

漁業飛行員月岡和小林在無人島上的石洞目擊哥斯拉和一隻背面長出長刺的怪獸正在打鬥。返回大阪後，二人立刻報告, 對策本部立即被成立，並查那一隻長刺的怪獸叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一樣受氫彈試驗而蘇醒， 山根博士在沒有兵器對抗哥斯拉的情況下， 建議用燈光誘導怪獸回海的方法。 　　在燈火管制下，大阪灣出現哥斯拉，防衛隊在灣外發射…

接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37\%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍…