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第三季开始于上一季的三个月后，为了自己儿子的回来，强纳森去到山洞里，暂时得到了超人的能力，最终使儿子回到身边。克拉克和拉娜的感情一样起起落落，而他又学会了新的技能，离成为真正的超人只有一步之遥了！在最后一集，出现了一个神秘的女孩，她拥有比克拉克强大白倍的能力，她是来接克拉克回自己星球的。看着父亲因为自己受伤，他终于跟着…

八年前，一场与超强武器炸弹的案件被隐藏真相，仅存活的人也被送入监狱。这个被囚禁的人是拥有好几个孩子的父亲，孩子们多少都对父亲的处境不理解，觉得父亲做了错事才导致现在让母亲一人抚养这群孩子。八年后，孩子们发现原来父亲拥有超能力，而他们也会不知不觉中产生某种超能力。在一次偶然中，他们发现了父亲真正被捕的原因，孩子们决定揭开…

从这一季开始更换了片尾曲，体现出超人的进一步成长，要处理更困难的局面、对付更黑暗的敌人。