在梦原国的国庆日时，本来是一片祥和的节日气氛。突然，天色为之大变，位于梦原海水下面的邪灵城里，邪灵王指示许多怪兽向故事世界发动袭击。为了避免国家受到破坏，梦原的统治者——波拉公主，派出了她的十二勇士，即十二生肖守护神来保护梦原国。守护神们各有各的性格和特点，他们在彼此协作中穿越时空，来到了被破坏的故事世界，找出邪灵…- 知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。 令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并…