- 持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼近，就在快被龙卷风卷入时，出现了一名女性。这位名叫希娜的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明…
- 王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进，在旅途中，与正在寻找同伴的神奇宝贝索罗亚相遇，并一起结伴同行。就在此时，被称为索罗亚克的神奇宝贝竟然化身成为雷皇、炎帝、水君的模样，在王冠市的街道上大搞破坏。 就连相隔了20年再度回到这座城市的雪拉比…
- 在合众地区旅行的小智、艾莉丝、天桐一行人，来到了被称为“大地之剑”的塔为中心发展的城市：艾茵多奥克。这里是由曾经繁荣一时的大地之民所建立的国度，但现在已经落殁。 小智等人为了参加收获祭对战大会来到艾茵多奥克，他们在这里遇到了能给予人或精灵宝可梦不可思议力量的梦幻精灵宝可梦比克提尼。大地之民的后裔－德雷多企图利用比克提尼…
- 三位仙人——小智、小仁、小勇（Q版刘关张）在经历种种训练和磨砺后，从只有美貌但仙力最弱的“花瓶仙人”，成长为绝技在手的好汉子，三人齐心协力，捉拿无恶不作的董太师和吕布，让世间回归和平。
- 心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们
- 立志成为第一流的神奇宝贝大师，小智他们依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：‘你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。’“最强的神奇宝贝训练家？”好奇的小智他们毫不考虑地朝向…
- 在遥远的大海里有一座岛屿，岛屿茂密的热带森林里有一个快乐村，村里生活着许多善良淳朴的村民。而在森林深处的洞穴里，秘密隐藏着一个邪恶团伙，他们正监视着快乐村的一举一动。以大黑熊黑旋风为首，狐狸阿吉、小狗阿旺组成的“黑风队”再次来到了快乐村。
