- 面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一起寻找他。一场大战之后，守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡，而尼奥却在找到先知之后一无所获……锡安的局势越来越危险，议员…
- 上回说到NEO同学终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活”的同时，他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：NEO将带领锡安基地安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身。他的使命会实现吗？矩阵会那么甘心被摧毁吗？
不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。