- 在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，…
- Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士。普罗米修斯号是靠人类的思考数据来模拟人的行为进行战斗的，为了获取数据，她希望能把Super GUTS队员的战斗经验移植给普罗米修斯…
