- 柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句…小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——50…为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。 身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏…